Factures électroniques : ce qui change pour les professionnels libéraux de santé
La facturation électronique marque une évolution importante dans la gestion des relations commerciales en France. Pour les entreprises assujetties à la TVA, elle devient progressivement obligatoire entre 2026 et 2027.
Pour les professionnels libéraux de santé exonérés de TVA, elle n’impose pas l’émission de factures électroniques, mais implique une capacité à en recevoir à partir de septembre 2026.
Mieux vaut anticiper dès maintenant, en choisissant les bons outils, pour vivre cette transition comme une opportunité de modernisation plutôt qu’une contrainte administrative.
Qu’est-ce que la facturation électronique ?
La facturation électronique, ou e-invoicing, désigne l’émission, la transmission et la réception des factures dans un format entièrement numérique. Contrairement à une simple facture PDF envoyée par e-mail, une facture électronique suit un processus structuré, automatisé, et normalisé;. Elle est émise dans un des trois formats spécifiques (UBL, Factur-X ou CII) via des plateformes agréées (PA) et permet un traitement plus rapide et plus fiable des données comptables.
La mise en place de la facturation électronique en France s’inscrit dans un cadre plus large de modernisation des échanges commerciaux et de lutte contre la fraude à la TVA, en lien avec les directives européennes.
Pourquoi cette réforme de la facturation ?
Cette réforme répond à plusieurs enjeux économiques et fiscaux majeurs :
- Lutte contre la fraude fiscale
- Automatisation des déclarations de TVA
- Amélioration de la traçabilité et de la conformité
- Réduction de l’empreinte environnementale
La facturation électronique est donc à la fois un outil de contrôle fiscal et un levier de transformation digitale pour les entreprises.
Qui est concerné ?
L’obligation de facturation électronique concerne toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA, quelle que soit leur taille ou leur statut juridique, dès lors qu’elles réalisent des transactions commerciales avec d’autres entreprises françaises (B2B domestique).
Sont donc concernées :
- Les micro-entrepreneurs
- Les TPE et PME
- Les ETI (entreprises de taille intermédiaire)
- Les grandes entreprises
Et les professionnels libéraux de santé ?
Les professionnels de santé exerçant en libéral (médecins, infirmiers, kinésithérapeutes, dentistes, etc.), qui réalisent des actes médicaux exonérés de TVA, ne sont pas concernés par l’obligation d’émettre des factures électroniques à leurs patients ou aux organismes de santé, car ces opérations ne relèvent pas du champ d’application de la TVA.
Toutefois, deux situations peuvent les concerner :
- S’ils réalisent des prestations hors du champ médical, assujetties à la TVA (par exemple des formations ou expertises), ces activités peuvent être soumises à la facturation électronique.
- S’ils reçoivent des factures électroniques de la part de leurs fournisseurs (matériel médical, services informatiques, etc.), ils devront être en capacité de les réceptionner à partir du 1er septembre 2026.
En résumé, les professionnels libéraux non assujettis à la TVA ne sont pas soumis à l’obligation d’émission, mais seront indirectement concernés par la réforme en tant que destinataires de factures électroniques.
Quel est le calendrier ?
Initialement prévue pour 2024, l’entrée en vigueur de la réforme a été reportée afin de laisser plus de temps aux entreprises pour se préparer. Voici le calendrier officiel :
- 1er septembre 2026 : obligation de réception pour toutes les entreprises et professionnels, y compris les libéraux. Obligation d’émission pour les grandes entreprises et les ETI.
- 1er septembre 2027 : obligation d’émission pour les PME, TPE et micro-entreprises.
Les professionnels libéraux exonérés de TVA sont uniquement concernés par la réception de factures électroniques à partir de 2026.
Quelles sont les obligations ?
Les entreprises doivent se conformer à trois obligations majeures :
- Émettre des factures électroniques dans un format structuré reconnu (UBL, Factur-X ou CII), via une plateforme agréée (PA).
- Recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs.
- Transmettre certaines données à l’administration fiscale (e-reporting), notamment pour les opérations hors du champ B2B domestique.
Les professionnels libéraux exonérés de TVA ne seront pas tenus d’émettre des factures électroniques à leurs patients, mais devront pouvoir réceptionner les factures électroniques qui leur sont adressées.
Je suis client CMV Médiforce : qu’est ce qui va changer ? :
- A compter de septembre 2026, vous devrez être dotés d’une Plateforme Agréée pour recevoir nos factures et mettre à jour leur statut.
- L’identifiant d’adressage des factures sera, par défaut, votre n° SIREN.
- Vous ne pourrez plus récupérer vos factures au format pdf dans votre Espace Client. En revanche, nous mettrons à votre disposition un lien qui vous permettra d’en consulter une version lisible sur notre plateforme de dématérialisation.
Quels sont les avantages ?
Même si cette réforme impose des efforts d’adaptation, elle offre de nombreux bénéfices à court et long terme :
- Réduction des erreurs de saisie
- Gain de temps dans le traitement des factures
- Meilleure visibilité sur la comptabilité
- Meilleure conformité fiscale
- Archivage numérique sécurisé
- Accélération des paiements fournisseurs
Pour les professionnels de santé, cela peut aussi permettre une simplification des achats et une automatisation des règlements.
Comment se préparer à la facturation électronique ?
Voici quelques étapes clés pour aborder cette réforme sereinement :
- Faire un diagnostic de vos outils et système de facturation actuels
- Identifier ce qui doit être mis en conformité
- Choisir et souscrire à une plateforme agréée avant le 1er septembre 2026
Vous pouvez également vous faire accompagner par votre comptable qui a la connaissance des modalités de la réforme, des enjeux et de vos besoins.
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Nos équipes sont à votre disposition pour répondre à vos questions et vous aider à faire le bon choix.
